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全新Sequel II系统助力入侵物种的鉴定

标签:全新,系统,助力,入侵,物种,种的,鉴定  2019-5-14 9:24:01  预览

  

对于美国葡萄园和苹果园的园主来说,斑衣蜡蝉(spotted lanternfly)简直是噩梦一样平常的存在。这种贪婪的食客吸食葡萄、苹果等70多莳植物的汁液。若任其蔓延,将会造成数百亿美元的损失。

不过好新闻是,美国农业部的科学家近日已行使PacBio新推出的Sequel II测序系统,对一只田间捕捉的斑衣蜡蝉(Lycorma delicatula)进行了高质量的从头组装。

新的基因组资源不仅可以帮助人们了解这种鲜为人知的农业害虫,还有助于对此物种进行周全的基因组监控,并快速测试害虫干预策略。这一点十分紧张,由于斑衣蜡蝉已经在宾夕法尼亚周边地区造成了紧张的后果。

美国农业部农业科学研究院(USDA-ARS)和PacBio等机构的科学家行使8M SMRT Cell芯片测序并组装了高质量的斑衣蜡蝉参考基因组,并在预印本网站bioRxiv上发布了研究成果。

以往的蜡蝉基因组计划至少必要100-5,000只近交个体和16个不同的测序文库,而新研究只是从田间捕捉了一只雌性斑衣蜡蝉,并制备了单个文库。

“本文介绍的DNA提取、文库制备和测序方法简单快速,使用了现有的试剂盒。行使更高通量的Sequel II系统,我们只需一块SMRT Cell芯片即可产生充足的测序覆盖度,并且测序运行时间仅为30小时,”作者在文中写道。

研究人员透露表现,这个项目说明了基因组组装工作现在可在个人实验室中开展,而不像以往那样必要大型的研究联盟。“这种从头组装基因组的能力使得更多物种可以获得高质量的基因组,”他们增补说。

在以往的研究中,人们必要花几个月甚至几年的时间来建立近交系,这不仅成本高昂,而且对于很多物种来说是不实际的。对野生标本直接进行测序,就跳过了很多繁琐的工作,还能更正确地鉴定遗传变异武汉设计,而不存在适应实验室培养或杂合性丢失的风险。

此外,尽管研究人员尽最大努力避免蜡蝉中的共生菌污染样本,但有迹象注解,两种内共生菌的DNA已被混合到昆虫的DNA中。于是,他们试图鉴定出这两种内共生菌的基因组。

得益于长读取和壮大的组装策略,他们能够将微生物共生体与宿主清楚区分开。两种内共生菌(Sulcia muelleriVidania fulgoroideae)都是完备的新疆人事考试中心网,并且在单个重叠群中。他们认为,这些基因组信息可能有助于人们防治害虫。(生物通 薄荷)

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原文检索

A High-Quality Genome Assembly from a Single, Field-collected Spotted Lanternfly (Lycorma delicatula) using the PacBio Sequel II System

doi: https://doi3453/10.1101/627679